San Francesco di Messina è il proto-convento francescano dell'Isola. La tradizione con buone ragioni assegna la fondazione al 1212, quando i primi Minori occuparono la piccola chiesetta di S. Leone, che più tardi (1216) abbandonarono per trasferirsi nell'attuale sede.



Il 5 gennaio del 1255 Alessandro IV a Napoli benedisse la prima pietra per la nuova chiesa, che fu portata poi a Messina, per iniziarne la costruzione sul terreno dato dalle nobildonne Violante Palizzi, Eleonora da Procida, Beatrice Belfiore. Nel 1266 era ancora in costruzione: non sappiamo quando fu completata. 

Ad un'unica navata, è uno dei monumenti più caratteristici del sec. XIII in Sicilia: l'abside merlata, l'ampiezza dell'arco trionfale, l'interno delle tre absidi sottolineate da robusti costoloni che ascendono svelti per formare il padiglione delle volte, lo caratterizzano fortemente.



Durante la permanenza della famiglia aragonese a Messina, godette del massimo splendore: Federico III, Elisabetta d'Aragona, Federico IV, che vi costruì il convento; i duchi di Randazzo Guglielmo e Giovanni, vollero essere sepolti nella nostra chiesa. 

Nel 1512 fu costruito il coro intagliato, come quello esistente a Palermo, che fu rovinato dall'incendio del 1884, e nel 1566, dopo trenta anni di lavoro finalmente veniva completato il chiostro che era uno dei migliori di Messina. 

Il convento ebbe l'ambita fortuna di vedere il glorioso Taumaturgo di Padova quando dall'Africa fu portato in Sicilia (1221): di questa visita si conservano ancora graditi ricordi.



Fu uno dei principali conventi dell'Isola, la Magna Domus Messanensis, anzi Carlo V lo dichiarò capo della Provincia. 

Sede di importanti Studi, dal 1628 ebbe uno studio di II Classe che era il primo dell'Ordine. Diede all'Ordine uomini illustri per santità e dottrina: 16 tra arcivescovi e vescovi, 15 Ministri provinciali. Possedeva una ricca biblioteca, tanto che Clemente XIV nel 1771 proibiva di asportarne altrove i libri. 

La chiesa nel 1721 assunse la forma barocca: la migliore sua struttura venne sepolta da calcinacci e la chiesa acquistò una nuova fisionomia. Solo dopo l'incendio subìto dalla chiesa il 23 luglio 1884 fu possibile rivedere le antiche forme che vennero da mano sapiente dissepolte.



Occupato temporaneamente il 30 agosto 1863, il convento venne completamente soppresso nel 1866, e adibito ad uffici di Intendenza di Finanza. I nostri frati però non abbandonarono mai la chiesa, e nel 1895 venne ricomposta regolarmente la comunità. Ma nuovi dolori lo attendevano. Il 28 dicembre 1908 tutta Messina crollava sotto la furia del terremoto e con essa anche la nostra chiesa. Solo le merlate absidi resistettero all'urto. I frati perirono tutti. Accorsi altri sul posto, con ardore francescano, con dedizione appassionata si diedero a salvare ciò che era salvabile, e con sacrifici immensi prepararono la rinascita della chiesa. Dopo gravi difficoltà, finalmente il 9 dicembre 1923 fu gettata la prima pietra della nuova chiesa, che doveva ripetere la pianta e lo stile dell' antica, utilizzando tutti i conci superstiti del terremoto. Il 25 novembre 1928 la chiesa veniva inaugurata con solennità grandiose.



Il convento è stato ampliato mediante la costruzione di alcuni locali adiacenti alla chiesa, adibiti ad usi sociali. Nel 1992 l'altare maggiore dell'abside fu sostituito con un nuovo altare e una nuova sistemazione e con un crocifisso al centro.

Ai frati è affidata la cura pastorale della Parrocchia San Giuliano che ingloba nel suo territorio anche la nostra chiesa e convento.