Dell'antica custodia agrigentina dopo l'immane flagello del 1866, è tornato a noi solo il convento di Enna. I conventi di Trapani, Montevago e Custonaci, che per sé appartenevano alla Custodia Trapanese, furono aggregati alla Custodia Agrigentina nel 1913.



Il convento di S. Francesco di Enna costituisce l'ultimo degli assestamenti fatti dai nostri frati nel sec. XIV. Il Cagliola propenderebbe a far risalire la prima comparsa dei Minori ad Enna sulla fine del sec. XIII. È certo comunque che nel 1320-1336, i frati, che prima avevano occupato la chiesetta dello Spirito Santo sita nei locali dell'antico Castello, ottennero da Federico III d'Aragona, la chiesa di S. Andrea apostolo, che identifichiamo con l'attuale chiesa dedicata a S. Francesco d'Assisi. 

Il Ministro generale dell'Ordine, Giulio Magnani (1553-1559) in una sua visita al nostro convento fatta nel 1554, concesse agli Ennesi l'ambito privilegio di essere computati tra i figli spirituali dell'Ordine. 

Nel 1556 i Conventuali Riformati ottennero la chiesetta di S. Maria della Misericordia, o della Concordia, che per la soppressione del 1628, passò a noi; ma prima del 1644 anche noi l'abbandonammo. 

Nel sec. XVII aveva un seminario per i giovani aspiranti all'Ordine. 

Nel 1834 vengono assegnati a questo convento, secondo le norme allora vigenti, sei Baccellieri studenti di Dogmatica e Morale sotto la direzione del Reggente P.M. Salvatore Pelligra, che più tardi fu Definitore generale, Procuratore generale delle Missioni e Reggente del collegio di S. Bonaventura. 

La chiesa venne abbellita lungo i secoli: l'ultima innovazione che i frati vi apportarono nel 1846 fu l'ornamentazione del cappellone.



Soppressa nel 1866, ritornò a noi nel 1941 ottenendosi dal Comune pochissime e disagiate celle.



Nel 1976, ad opera del p. Salvatore D'Antona si ottenne dal Comune la pars congrua, dove, oggi, abitano i religiosi. Allo stesso p. Salvatore si deve l'utilizzazione a cappella dell'antico rifugio antiaereo ricavato nel sottosuolo della chiesa.